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基于大数据对宫颈癌缺氧生物标志物的分析

陈谦 仇小强

陈谦, 仇小强. 基于大数据对宫颈癌缺氧生物标志物的分析[J]. 中华疾病控制杂志, 2017, 21(5): 496-500. doi: 10.16462/j.cnki.zhjbkz.2017.05.016
引用本文: 陈谦, 仇小强. 基于大数据对宫颈癌缺氧生物标志物的分析[J]. 中华疾病控制杂志, 2017, 21(5): 496-500. doi: 10.16462/j.cnki.zhjbkz.2017.05.016
CHEN Qian, QIU Xiao-qiang. Bioinformatics analysis of hypoxic markers in cervical cancer via big data[J]. CHINESE JOURNAL OF DISEASE CONTROL & PREVENTION, 2017, 21(5): 496-500. doi: 10.16462/j.cnki.zhjbkz.2017.05.016
Citation: CHEN Qian, QIU Xiao-qiang. Bioinformatics analysis of hypoxic markers in cervical cancer via big data[J]. CHINESE JOURNAL OF DISEASE CONTROL & PREVENTION, 2017, 21(5): 496-500. doi: 10.16462/j.cnki.zhjbkz.2017.05.016

基于大数据对宫颈癌缺氧生物标志物的分析

doi: 10.16462/j.cnki.zhjbkz.2017.05.016
基金项目: 

国家自然科学基金(81241100)

详细信息
    作者简介:

    陈谦(1991-),男,浙江温州人,在读硕士研究生。主要研究方向:慢性病流行病学。

  • 中图分类号: R711.74;R181

Bioinformatics analysis of hypoxic markers in cervical cancer via big data

  • 摘要: 目的 在GEO(gene expression omnibus)和TCGA(the cancer genome atlas)数据库中挖掘宫颈癌缺氧标志物并对其预后进行生存分析。方法 利用GEO数据库中宫颈癌表达谱(GSE75034)缺氧组织和非缺氧组织中的数据进行差异性分析,再运用基因功能分析(gene ontology,GO)与通路富集分析(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)筛选出相关的通路和相关功能的基因,结合TCGA数据库中宫颈癌的数据对其预后运用Kaplan-Meier与Log-rank检验方法进行生存分析。结果 显示有337个基因表达存在差异,缺氧组织中上调的基因有184个,下调的有153个。GO分析显示这些基因与免疫反应、炎症反应、细胞增殖、血管形成等有关;KEGG分析显示主要富集在TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路、HIF-1信号通路等。生存分析显示富集在HIF-1通路上的PAI-1、BCL-2、HK-2与宫颈癌病人预后相关,其中PAI-1、HK-2是预后的危险因素(均有P<0.05),高表达组与患者生存期缩短相关,BCL-2是保护因素(χ2=6.508,P=0.011),高表达组与患者生存期延长相关。结论 PAI-1、BCL-2、HK-2可以作为宫颈癌缺氧生物标志物,与宫颈癌病人的预后相关,为后续的研究提供新思路。
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出版历程
  • 收稿日期:  2017-01-22
  • 修回日期:  2017-03-10

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