广西壮族自治区(广西)2020年3月16日报告首例COVID-19境外输入病例，2021年4月30日报告首起境外输入聚集性疫情^[1]，与广西接壤的越南自2021年4月27日第4波疫情以来累计报告病例数达1 055万。同时随着各种变异株的不断出现，广西“外防输入”的压力增加。本研究通过分析2020年3月1日―2022年3月31日由广西各类口岸入境的COVID-19感染者，旨在描述广西境外输入性COVID-19感染者的基本情况，分析输入性疫情的规律及病毒基因组的遗传、变异和进化特征，为精准防控和风险评估提供科学依据。

1.   资料与方法

1.1   资料来源

境外输入性COVID-19感染者信息来源于传染病报告信息管理系统及广西各地疾病预防控制中心流行病学报告。

1.2   研究对象

2020年3月1日―2022年3月31日由广西各类口岸入境的COVID-19感染者，包括确诊病例和无症状感染者，病例定义参照《新型冠状病毒肺炎防控方案(第八版)》。

1.3   信息收集

收集研究对象的流行病学资料。包括：年龄、性别、职业、临床严重程度、入境前旅居的国家或地区(来源国)、入境时间、入境口岸、户籍、疫苗接种情况。

1.4   实验室检测

1.4.1   样本来源

从2020―2022年输入性感染者中选取Cycle threshold (Ct)值＜30的标本。

1.4.2   病毒全基因组序列测定

采用ULSEN超灵敏新型冠状病毒全基因组试剂盒(V-090418-1)对病毒核酸进行扩增。使用Nextera XT DNA Library Preparation Kit(illumina，美国)建库试剂盒进行文库构建，运用Miseq测序仪进行全基因组测序。

1.4.3   序列比对和分析

以美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI) 中的SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1(NC_045512) 作为参考序列，使用CLC Genomics Workbench(Version 21.0.4)软件进行序列拼接。运用Multiple Alignment Using Fast Fourier Transform (MAFFT)程序对全基因组序列进行比对；与全球新冠病毒基因组数据库(GISAID EpiCoVTM)中序列做同源性比对，选取同源性高的以及不同分支的代表性序列共计54条作为参比序列构建系统进化树。运用在线工具Nextclade(https://clades.nextstrain.org/)和在线SARS-CoV-2基因分型平台(https://pangolin.cog-uk.io/)分析基因组变异位点和型别。

1.5   统计学方法

使用Excel 2010、SPSS 20.0、R 4.1.3等软件对数据进行整理、统计学分析和可视化操作，定性资料以例数和频率表示，组间比较采用χ ²检验或Fisher确切概率法，正态分布的定量资料以(x±s)表示，组间比较采用独立样本t检验，非正态分布的定量资料用[M(P₂₅, P₇₅)]表示，组间比较采用非参数检验。检验水准α=0.05。

2.   结果

2.1   基本情况

2020年3月1日―2022年3月31日，广西共报告境外输入性COVID-19感染者1 662例，排除19例非广西入境感染者，共纳入1 643例，包括无症状感染者804例(48.9%)，确诊病例839例(51.1%)。其中，轻型371例(44.2%)、普通型465例(55.4%)、重型2例(0.2%)、危重型1例(0.1%)，无死亡病例。

2.2   输入性COVID-19感染者的人群分布

输入性COVID-19感染者中男女比例为6.4∶1，平均年龄37.4岁，职业以工人(30.7%)、商业服务人员(24.4%)为主。68.4%的感染者接种过疫苗，确诊病例以35~＜60岁组为主，无症状感染者以19~＜35岁组较多，两组的年龄构成差异有统计学意义(χ²=31.323，P < 0.001)。见表 1。

表  1  输入性COVID-19感染者的流行病学特征

Table  1.  Epidemiological characteristics of imported COVID-19 cases

变量Variable	输入性感染者① Imported cases ① n= 1 643	确诊病例① Confirmed cases ① (n=839)	无症状感染者① Asymptomatic infection ①(n=804)	t值 t value	P值 P value
性别Sex				0.096	0.756
男Male	1 422(86.5)	724(86.3)	698(86.8)
女Female	221(13.5)	115(13.7)	106(13.2)
年龄/岁, x±s Age/years, x±s	37.4±9.6	38.6±9.7	36.1±9.3	5.302	< 0.001
年龄组/岁Age group/years				31.323	< 0.001
≤18	8(0.5)	4(0.5)	4(0.5)
19~＜35	713(43.4)	311(37.1)	402(50.0)
35~＜60	904(55.0)	510(60.8)	394(49.0)
≥60	18(1.1)	14(1.7)	4(0.5)
职业Occupation				37.402	< 0.001
工人Worker	504(30.7)	282(33.6)	222(27.6)
商业服务Commercial service	401(24.4)	211(25.1)	190(23.6)
干部职员Staff	330(20.1)	132(15.7)	198(24.6)
家务及待业Housework and unemployment	179(10.9)	89(10.6)	90(11.2)
海员及长途驾驶员Seafarer and long-distance driver	102(6.2)	56(6.7)	46(5.7)
农民Farmer	42(2.5)	33(3.9)	9(1.1)
其他Other	85(5.2)	36(4.3)	49(6.1)
国籍Nationality				0.381	0.537
中国籍Chinese nationality	1 605(97.7)	821(97.9)	784(97.5)
外籍Foreign nationality	38(2.3)	18(2.1)	20(2.5)
疫苗接种情况Vaccination				13.822	0.001
未接种过疫苗No	123(7.5)	59(7.0)	64(8.0)
接种过疫苗Yes	1 124(68.4)	608(72.5)	516(64.2)
不详Unknown	396(24.1)	172(20.5)	224(27.9)
注：①以[人数(占比/%)]表示。 Note: ① [Number of people (proportion /%)].

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2.3   输入性COVID-19感染者的来源国分布

输入性COVID-19感染者中，来源国家主要为越南(1 520例，92.5%)，其次是印度尼西亚(47例，2.9%)、菲律宾(27例，1.6%)、新加坡(21例，1.3%)。入境口岸以崇左凭祥友谊关为主(1 436例，87.4%)，其次为防城港东兴口岸(52例，3.2%)、南宁机场(52例，3.2%)、钦州港(51例，3.1%)，非法入境(37例，2.2%)。见图 1。

图  1  输入性COVID-19感染者的来源国家、入境口岸及户籍的分布

Figure  1.  Distribution of source countries, ports of entry and household registration of imported COVID-19 cases

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2.4   输入性COVID-19感染者核酸首次阳性时间分布

从入境至首次核酸检出阳性时间间隔的中位数为0 d，最小值为-8 d(入境前8 d)，最大值为25 d。入境14 d内核酸检出阳性者占98.5%(1 531/1 554)，入境15~20 d核酸检出阳性者占1.2%(18/1 554)，0.3%(5/1 554)感染者在入境20 d后首次检出核酸阳性。2.9%(45/1 554)感染者在入境前已检测出核酸阳性。

2.5   输入性新型冠状病毒基因组特性分析

2.5.1   全基因组测序情况

经过序列的测定、组装和拼接，最终获得78条长度为29 511 bp~29 903 bp的SARS-CoV-2全基因组序列。与武汉参考株Wuhan-Hu-1相比，2020―2022年广西境外输入序列的核苷酸和氨基酸序列一致性分别为98.40%~99.50%和99.44%~99.93%。Pangolin分型显示2020年输入性感染者的序列为B.1.351和B.1.1分支，2021年主要为Delta分支，2022年主要为Omicron分支。

2.5.2   系统发育分析

系统进化树结果显示SARS-CoV-2形成多个不同的进化分支，与Pangolin分型结果一致。亲缘关系比较发现2021年来自印度尼西亚的序列007~009号序列，分别与印度尼西亚的毒株(GISAID序列号：EPI_ISL_9437240、EPI_ISL_2860280)高度同源。来源越南序列大部分与越南的毒株(GISAID序列号：EPI_ISL_7088272)存在较强的亲缘关系。另外，002~006号序列与越南毒株(GISAID序列号：EPI_ISL_2455496、EPI_ISL_ 2455561)高度同源。2022年来自新加坡的5例001~004、006号序列与新加坡的毒株(GISAID序列号：EPI_ISL_8927200)存在较强的亲缘关系。来自菲律宾的008~010号序列与马来西亚的毒株(GISAID序列号：EPI_ISL_10760059)有较强的亲缘关系。来自越南的大部分序列与越南毒株(GISAID序列号：EPI_ISL_11221196、EPI_ISL_12305042)高度同源。见图 2。

图  2  基于全基因组核苷酸序列构建SARS-CoV-2系统发育树

1. 2020年广西输入病例的基因组序列(●)；2. 2021年广西输入病例的基因组序列(■)；3. 2022年广西输入病例的基因组序列(▲)；4. 武汉参考株序列(◆)；5. 与广西输入病例序列高度同源的基因组序列(○)；6. 使用MEGA7.0软件基于邻接法构建系统进化树，Bootstrap值设置为1 000，以评估可靠性。

Figure  2.  Phylogenetic tree of SARS-CoV-2 based on the whole genome sequences

1. Genome sequence of imported cases from Guangxi in 2020 (●); 2. Genome sequence of imported cases from Guangxi in 2021 (■); 3. Genome sequence of imported cases from Guangxi in 2022 (▲); 4. NC-04572.2 SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1 (◆); 5. Highly homologous genome sequence with Guangxi (○); 6. MEGA7.0 software was applied to construct the phylogenetic tree based on the adjacency method. The value Bootstrap was set to 1 000, to assess reliability.

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3.   讨论

截至2021年3月31日，全球累计报告确诊病例4.8亿，死亡616万余例，境外输入疫情防控压力大。中国多地出现由境外输入病例引起的本地扩散^[2]，控制境外输入疫情成为疫情防控的重点。

结果显示，广西98.3%的输入病例来自越南、印度尼西亚等东南亚国家，这与中国其他地区输入病例的主要来源国有明显差异^[3]，主要原因一是地理位置，广西与越南接壤，而凭祥友谊关口岸是中国通往越南及东南亚其他国家最大的陆路口岸；二是由于越南疫情的影响。越南在2021年4月前累计报告确诊仅3 000多例，但之后病例数迅速激增，目前累计已超过1 000万，越南全面复工复产给广西边境防控工作带来压力。

广西入境人员有98.5%的感染者在入境14 d内新型冠状病毒核酸检测阳性，略高于中国检出水平^[4]，这可能与广西在2021年5月后对所有入境人员采取在集中隔离第1 d和解除隔离前1 d(第14 d)实施“双采双检”有关，降低了因试剂灵敏度不足或病毒变异可能造成的漏检风险。同时本研究发现2.9%的感染者在入境前已检测出核酸阳性，主要原因是各港口、内河口岸对入境船舶进行全面登临检疫，核酸阳性者入境接收医疗救治。本研究发现核酸检测阳性后最长8 d才能进行入境手续办理及救治，存在疫情在船员中传播扩散的风险。

基因组分型显示2020年输入性感染者的序列有B.1.351分支；2021年主要为Delta分支；2022年主要为Omicron分支。它们均属于当年的VOC分支，提示人们需持续关注病毒进化和变异特征，为广西COVID-19疫情的溯源和防控提供理论依据。系统进化树分析发现，这些输入性感染者的序列与病毒输入地的毒株具有高度同源性，说明广西境外输入的风险很大，提示人们要加强疫情和变异株的监测，严防境外疫情输入。

综上所述，广西面临多种口岸输入疫情的风险，且边境线长，防控难度大^[5]。随着入境人员中无症状感染者比例增加，如何快速识别风险人群、减少疫情在入境者中的传播尤为重要。因此，加快入境核酸筛查时效性、缩短转运时间，确保入境管控工作无缝对接、全程掌控、提高防控效率。此外由于新型冠状病毒基因组不断进化，而且输入性感染者主要为VOC，需要持续关注广西本土和输入性新型冠状病毒的进化和变异特征，为广西的COVID-19疫情溯源和防控提供理论依据。